리눅스 소프트웨어 시계는 사실 언제나 정확하다고는 할 수 없다. 이 시계는 단지 PC 하드웨어가 주기적으로 발생시켜 주는 타이머 인터럽트(timer interrupt)에 의존하고 있기 때문이다. 만일 시스템에 과부하가 걸려 있다면 타이머 인터럽트를 처리하는 시간도 지연될 수 밖에 없고, 결국 시계가 느리게 가게 된다. 그러나 하드웨어 시계는 독립적으로 작동하므로 비교적 정확하다. 따라서 부팅을 자주하는 컴퓨터(서버 역할을 하지 않는 대부분의 컴퓨터들)라면, 시계가 비교적 잘 가고 있다고도 볼 수 있다.
하드웨어 시계를 맞추고 싶다면, 리부팅한 후 BIOS 셋업 화면으로 들어가서 하는 방법이 보통 간단하긴 하다. 또한 이 방법을 쓰면, 시스템 시간 변경으로 인해 일어날 수 있는 문제들을 피할 수 있다. BIOS를 통해 시계를 맞출 수 없다면 일단 date와 clock을 사용해 하드웨어 시계를 맞춰보고 만일 시스템이 이상하게 동작한다면 즉시 리부팅할 수 있도록 한다.
네트워크에 연결된 컴퓨터라면(모뎀으로 연결된 경우라도), 다른 컴퓨터와 자신을 비교해서 시계를 맞출 수 있다. 상대편 컴퓨터가 아주 정확한 시간을 유지하고 있다면, 이쪽의 시계도 정확하게 맞출 수 있을 것이다. 이런 일은 rdate와 netdate 명령을 쓰면 할 수 있다. 이 명령들은 상대편의 시간을 체크해보고(netdate는 여러 컴퓨터들의 시간을 한꺼번에 비교해 볼 수 있다), 이쪽의 시계를 거기에 맞춰준다. 따라서 이런 명령들을 주기적으로 실행시킨다면 시간을 정확히 유지할 수 있을 것이다. (한국표준과학연구원 타임서버 주소가 time.kriss.re.kr이므로, rdate -s time.kriss.re.kr 이라고 하면 시간을 한국표준시에 정확히 맞출 수 있다.)