로그인 쉘이 실행될 때, 쉘은 미리 설정된 파일들을 자동적으로 실행시킨다. 쉘이 달라지면 실행시키는 파일의 종류도 달라지므로, 각각의 쉘에 대한 자세한 내용은 해당 문서들을 참고하기 바란다.
대부분의 쉘들은 모든 사용자에게 공통적으로 적용되는 파일을 갖고 있는데, 예를 들어 본 쉘(Bourne shell, /bin/sh)과 이 본 쉘에서 파생된 쉘들은 우선 /etc/profile을 공통적으로 실행시킨 후, 사용자의 홈디렉토리에 있는 .profile을 덧붙여 실행시킨다. /etc/profile에서는 시스템관리자가 각 사용자들에게 공통적으로 적용시키고 싶은 환경 설정이 들어가는데, 특히 명령들의 경로명 같은 것이 일반적인 경우와 좀 다를 때 그것을 지정해 주는 경우가 많다. 반면에, .profile은 각 사용자들이 기본 설정 대신에 자신의 환경을 스스로 설정할 필요가 있을 때 사용하는 파일로서, /etc/profile과 중복되는 내용이 있을 경우 .profile의 내용이 적용된다.