가능하다면, fdisk 명령은 자동으로 디스크 영역을 계산해낸다. 그래서, 물리적인 디스크 영역 지정은 굳이 필요하지는 않다. 하지만 MS-DOS 파티션에 대해서는 지정할 필요도 있다. 일반적으로 디스크 영역을 지정하라는 경고를 내면, 그때 지정해 주면 된다. 이런 경고는 주로 SCSI 하드 디스크일 경우에 발생한다. (그것도 디스크 영역을 자동으로 계산해 내지 못하는 디스크 어댑터를 사용할 경우에 해당된다.)
파티션 테이블이 출력될 때마다, 그 파티션 테이블에 오류가 없는지, 항상 확인을 한다. 이 오류 검사는 물리적, 논리적 파티션 테이블의 시작과 끝 위치 확인과 실린더 경계가 바른지 검사한다.(첫번째 파티션은 제외된다.)
옛 버전의 fdisk(1.1r 이전 버전)에서는 실린더/헤더/섹터 숫자들이 자동검색될 때 틀리게 보여주는 경우가 있었다. 이런 현상은 한 드라이브의 첫번째 파티션 오류 검사 안에서 나타났다. LILO 부트 관리자를 사용할 경우에는 이런 현상을 무시할 수도 있다. 반면, OS/2 부트 관리자를 사용할 경우에는 이런 현상이 나타난다고 한다.
어떤 MS-DOS 버전에서는 첫번째 파티션을 실런더 경계에서 시작하는 것이 아니라, 첫번째 실린터의 섹터 2에서 만든다. 실린터 1에서 시작하는 파티션은 실린더 경계에서 시작할 수 없다. 하지만, OS/2가 없이는 이런 현상이 드물게 나타난다.
버전 1.1r에서는, 파티션 테이블이 갱신될 때, 종료되기 전에 BLKRRPART ioctl() 함수를 구성한다. 이런 작업은 원래, 지워질 수 있는 SCSI 디스크는 그 파티션 테이블 정보가 갱신되었다는 것을 가정한다. 만약 커널이 그 갱신된 파티션 테이블을 인식하지 못한다면, fdisk는 리부트 하라고 경고를 낸다. 이 경고 후에 리부트를 하지 않고 계속 사용한다면, 디스크의 자료를 읽을 수도 있다. 리눅스를 설치할 때, 가끔 BLKRRPART 가 아무 경고 없이 실패될 수도 있는데, 이런 문제를 막기 위해서는 파티션 테이블을 갱신했을 경우에는 항상 리부팅 하도록 한다.
The DOS 6.x FORMAT command looks for some information in the first sector of the data area of the partition, and treats this information as more reliable than the information in the partition table. DOS FORMAT expects DOS FDISK to clear the first 512 bytes of the data area of a partition whenever a size change occurs. DOS FORMAT will look at this extra information even if the /U flag is given -- we consider this a bug in DOS FORMAT and DOS FDISK.
The bottom line is that if you use cfdisk or fdisk to change the size of a DOS partition table entry, then you must also use dd to zero the first 512 bytes of that partition before using DOS FORMAT to format the partition. For example, if you were using cfdisk to make a DOS partition table entry for /dev/hda1, then (after exiting fdisk or cfdisk and rebooting Linux so that the partition table information is valid) you would use the command "dd if=/dev/zero of=/dev/hda1 bs=512 count=1" to zero the first 512 bytes of the partition. BE EXTREMELY CAREFUL if you use the dd command, since a small typo can make all of the data on your disk useless.
좋은 결과를 얻기 위해서는, 항상 해당 OS 용 파티션 테이블 풀그림을 사용하는 것이 가장 좋다. 예를 들어, DOS 파티션을 관리하려면, DOS 용 FDISk를, 리눅스 파티션을 관리하며면, 리눅스 fdisk, 또는 cfdisk 풀그림을 사용한다.