루트 파일시스템은 보통 크기를 작게 만든다. 왜냐면 루트 파일시스템은 아주 중요한 파일들을 담고 있는데, 크기가 작고 자주 갱신되지 않는 파일시스템일 수록 손상될 위험은 줄어들기 때문이다. 만일 루트 파일시스템이 손상된다면 특별한 방법(한 예로, 플로피로 부팅하는 방법)을 쓰지 않는 이상 부팅은 불가능해진다. 이런 일은 꼭 피해야만 될 일이다.
루트 디렉토리( / 디렉토리 )에는 /vmlinuz라고 불리는 부트 이미지 파일만 넣어두는 것이 일반적이지만, 부트 이미지마저도 /boot라는 디렉토리 안에 넣어두고 루트 디렉토리에는 파일을 두지 않는 경우도 많다. 그 밖의 다른 파일들은 모두 루트 파일시스템의 하위 디렉토리 안에 존재한다.
이 곳에는 부팅할 때 필요한 명령어들이 들어 있다. 또한 부팅 후에는 일반 사용자들도 이 곳의 명령들을 사용할 수 있다. bin은 명령어들의 '저장고'라는 뜻이다.
이 곳은 /bin 디렉토리와 비슷하지만, 주로 시스템 관리를 위한 명령들이 보관된다. 일반 사용자들은 제한적으로만 이 곳의 명령들을 사용할 수 있다.
여기는 각 머신의 고유한 설정 파일들이 위치하는 곳이다.
루트 사용자의 홈 디렉토리이다.
공유 라이브러리가 있는 곳이다. 이 곳의 라이브러리들은 루트 파일시스템에 있는 프로그램들이 사용한다.
로딩 가능한 커널 모듈들이 위치하는 곳이다. 특별한 경우, 장애를 복구하기 위해 시스템을 부팅할 때도 커널 모듈들이 필요하다(예로서, 네트워크 드라이버와 파일시스템 드라이버가 있다).
장치 파일들이 있는 곳이다. 장치 파일은 일반적인 파일과는 다른 특수 파일로서, 마치 파일을 읽고 쓰듯이 하드웨어를 다룰 수 있게 해준다.
임시 파일들을 위한 공간이다. 부팅이 이루어지고 난 뒤에 실행되는 프로그램들은 /tmp가 아닌 /var/tmp를 사용해야 하는데, 보통 /var/tmp는 좀 더 여유공간이 많은 디스크 상에 위치하는 경우가 많기 때문이다.
LILO 같은 부트스트랩 로더가 사용하는 공간으로, 커널 이미지들이 이곳에 위치하게 된다. 부트스트랩 로더는 부트 이미지의 위치를 파악하여 부팅을 시작시켜 주는 프로그램으로서, 부트 이미지라는 것은 결국 부팅에 사용되는 커널 이미지이다. 부트 이미지는 보통 루트 디렉토리에 넣어 두거나 또는 /boot에 다른 커널 이미지들과 같이 넣어 둔다. 만약 많은 수의 커널 이미지를 갖고 있다면 /boot는 공간을 많이 차지할 것이므로 이런 경우에는 따로 독립적인 파일시스템을 만들어 주는 것이 좋다. 또한, 대용량 IDE 디스크에서 부트 이미지가 첫번째 1024 실린더 안에 있도록 하기 위해서 /boot를 독립된 파일시스템(1024 실린더 안에 있는 파일시스템)으로 만들기도 한다. 이렇게 하는 이유는 대부분의 부트스트랩 로더들이 1024 실린더 밖에 있는 부트 이미지를 인식하지 못하기 때문이다.
시스템 관리자에 의해 임시로 마운트된 파일시스템들이 위치할 곳(mount point)이다. 이 곳은 어디까지나 임시로 사용하는 곳이므로 프로그램들은 /mnt에 무엇이 마운트되었는지 자동적으로 인식하지는 않는다. /mnt는 보통 하위 디렉토리로 분할하여 사용하게 된다(예를 들어 /mnt/dosa라는 곳은 MS-DOS 파일시스템을 사용하는 플로피 디스크를 마운트하는 곳일 것이다. 혹시 /mnt/exta라면 이것은 아마 ext2 파일시스템을 사용하는 플로피 디스크를 마운트하는 곳일 것이다).
/home에는 각 사용자들의 홈 디렉토리가 위치한다. /proc, /usr, /var에도 각각 다른 파일시스템이 마운트된다. 자세한 내용은 뒤에서 설명하겠다.