리부팅이란, 시스템을 다시 부팅하는 것이다. 이것은 우선 셧다운을 적절히 하고, 전원을 내린 뒤, 다시 전원을 올리는 과정으로 이루어진다. 간단한 방법은, 직접 껐다 켜는 대신 shutdown에게 리부팅을 시키는 것이다. 이렇게 하려면, shutdown에게 -r 옵션을 주면 된다. 즉, shutdown -r now 요렇게 한다.
또한 대부분의 리눅스 시스템은 키보드의 ctrl-alt-del을 함께 눌렀을 때 shutdown -r now 명령을 실행한다. 따라서 리부팅이 당장 이루어지게 된다. ctrl-alt-del이 눌려졌을 때, 어떤 동작을 하게 할 것인지는 설정이 가능한데, 다중 사용자 시스템에서는 일정 시간 지연이 있은 후 리부팅하게 하는 것이 좋다. 또한 아무나 시스템에 물리적으로 접근이 가능한 환경이라면, 이 기능은 아예 꺼두어야 할 것이다.